Vesihuoltolaitosten viemäriverkostojen ulkopuolella on noin miljoona asukasta 350 000 asunnossa. Näiden talousjätevedet kuormittavat vesiä 350-400 tonnilla fosforia ja noin 8000-10000 tonnilla orgaanista ainetta mitattuna seitsemän vuorokauden biologisena hapenkulutuksena (BHK2). Sekä fosfori, että orgaanisen aineen kuormitus on 1,5-1,8 -kertainen verrattuna veshuoltolaitosten viemäriin liittyneen noin 4,2 miljoonan asukkaan jätevesien vesikuormitukseen. Haja-asutusalueella yhden henkilön jätevesien orgaaninen aine ja kokonaisfosfori kuormittaa ympäristöä 6-8 -kertaisesti verrattuna vesihuoltolaitoksen viemäriin liittyneen asukkaan jäte-vesikuormitukseen.

Fosfori säätelee yleisesti sisävesiemme rehevöitymistä. Ihmisen aiheuttama fosforikuormitus, joka ei sisällä ilman kautta tapahtunutta laskeumaa, oli vuonna 2000 noin 4200 tonnia. Tästä haja-asutuksen jätevesien kuormituksen osuus oli vajaat 10 %. Viemäriverkkojen ulkopuolisen asutuksen jätevedet olivat vesien toiseksi suurin fosforikuormittaja maatalouden jälkeen. Haja-asutuksen jätevesien yhteisvaikutus rehevöitymisessä on siten valtakunnallisestikin merkittävä.

Haja-asutuksen puutteellisesti käsitellyt talousjätevedet ovat saastuttaneet talousvesikaivoja käyttö kelvottomaksi tai niistä on aiheutunut talousvesikaivon veden pilaantumisen vaaraa. Jätevesistä on myös aiheutunut purkupaikassa haju- ja ympäristöhygieenisiä haittoja sekä rannan rehevöitymistä ja veden laadun heikentymistä siten, että veden käytettävyys karjataloustarkoituksiin, uimavedeksi ja muuhun virkistykseen on paikallisesti heikentynyt.